Jonathan Lee Miller (Kingston upon Thames, 15 de novembro de 1972) é um ator britânico.

Jonny tornou-se conhecido graças aos papéis de Simon "Sick Boy" Williamson no filme Trainspotting (1996) e de Dade Murphy em Hackers (1995). É ainda conhecido pelos seus papéis em Afterglow (1997), Mansfield Park (1999), Melinda and Melinda (2004), The Flying Scotsman (2006), Endgame (2009), Dark Shadows (2012) e T2 Trainspotting (2017). The Flying Scotsman valeu-lhe uma nomeação para os London Film Critics' Circle na categoria de Ator do Ano e para Melhor Ator nos prémios BAFTA escoceses.

O ator também trabalha frequentemente no teatro, onde se destaca o seu trabalho em peças como After Miss Julie e Frankenstein. A última valeu-lhe o prémio Olivier de Melhor Ator.

Na televisão, Jonny foi o protagonista da série Eli Stone, transmitida pela ABC, que lhe valeu uma nomeação de Melhor Ator nos Satellite Awards. Foi ainda o protagonista da adaptação de 2009 de Emma, transmitida pela BBC e interpretou Jordan Chase na quinta temporada de Dexter. Entre 2012 e 2017, interpretou uma versão moderna de Sherlock Holmes na série Elementary, que lhe valeu uma segunda nomeação para os Satellite Awards.